Od hapšenja Radovana Karadžića i njegovog izručenja Haškom tribunalu optužnica je mjenjana tri puta. Prva je podignuta 25. jula 1995. Ona podignuta u oktobru 2009., odnosila se na genocid, zločine protiv čovječnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja. Prvobitna optužnica obuhvatala je Radovana Karadžića i Ratka Mladića. U ovoj optužnici koje su sadržale 16 tačaka, Karadžić se optuživao za zločine genocida, zločine protiv čovječnosti počinjene nad civilnim stanovništvom i vjerskim objektima u BiH. U drugom dijelu optužnice teretio se za snajpersko djelovanje nad civilima u Sarajevu, dok se treći dio optužnice odnosio na uzimanje pripadnika mirovnih snaga UN-a za taoce u ljeto 1995. Operativna i konačna optužnica koja sadrži 11 tačaka podignuta je u oktobru 2009.
“Imali ste moć i kontrolu nad snagama bosanskih Srba, uključujući vojne, paravojne i policijske snage koje su učestovale u ratnim zločinima koji su se desili”, izjavio je sudija Alfons Orie.
“Umjesto što sam optužen zbog zbivanja u našem građanskom ratu, trebalo je da budem nagrađen, a evo zašto. Što sam učinio sve da do rata ne dođe”, rekao je na suđenju Radovan Karadžić.
“Umjesto što sam optužen zbog zbivanja u našem građanskom ratu, trebalo je da budem nagrađen, a evo zašto. Što sam učinio sve da do rata ne dođe”, rekao je na suđenju Radovan Karadžić.
Tužilaštvo Haškog tribunala posebno je izdvojilo ubijanje više od 7.000 muškaraca i dječaka bosanskih muslimana u Srebrenici, uključujući i 1.000 muškaraca u Kravicama i pogubljenje 1.000 muškaraca pored škole Orahovac. Karadžić se tereti i za bezobzirno razaranje privatne imovine i javnih dobara, uključujući spomenike kulture i sakralne objekte, kao što su brojne džamije širom zemlje. Optužnica se odnosi i na granatiranje i snajpersku vatru, te širenje terora civila u Sarajevu od maja 1992. do novembra 1995. godine, kada je ubijeno desetine hiljada civila.
Karadžić odgovara i za uzimanja pripadnika Ujedinjenih nacija kao talaca kako bi se NATO prisilio da se uzdrži od vazdušnih napada na vojne ciljeve bosanskih Srba. U propratnoj izjavi, Karadžić tvrdi da “nije imao pravično suđenje, niti pravičnu presudu pred Haškim tribunalom”: “Sudsko vijeće ga je unaprijed smatralo krivim i, potom, konstruisalo presudu da opravda tu svoju pretpostavku”, stav je Karadžića, dodajući kako nigdje ta nepravda nije bila očiglednija, prema Karadžiću, nego u dijelu presude kojom je osuđen za genocid u Srebrenici. Optužnica se zaključuje time da je Radovan Karadžić znao ili imao razloga da zna da snage pod njegovom kontrolom spremaju da počine zločine ili su ih već počinili, a nije preduzeo mjere da spriječi činjenje zločina ili da kazni počinioce tih zločina. Presudom je oslobođen krivice u drugim općinama u BiH. Sudija Theodor Meron, bivši predsjedavajući Žalbenog vijeća u slučaju Radovana Karadžića, povukao se iz Vijeća nakon što je Karadžićeva odbrana podnijela zahtjev za njegovu smjenu. Na njegovo mjesto postavljen je sudija Ivo Rosa.